13 maggio 1981 Giovanni Paolo II viene ferito dal terrorista turco Ali Agca, che gli spara in Piazza San Pietro.
Soccorso immediatamente, fu sottoposto ad un intervento di 5 ore e 30 minuti, riuscendo a sopravvivere:
Dimesso dal Policlinico Gemelli il 3 giugno, viene di nuovo ricoverato il 20 dello stesso mese per una grave infezione.
Il 5 agosto i medici del Gemelli lo operano ancora. Dal 14 agosto al 30 settembre il papa trascorre la convalescenza a Castel Gandolfo.
Due anni dopo, nel Natale del 1983, Giovanni Paolo II volle incontrare il suo attentatore in prigione e rivolgergli il suo perdono.
I due parlarono da soli e gli argomenti della loro conversazione sono tuttora sconosciuti.
Ali Agca non ha mai voluto rivelare in modo chiaro la verità sugli eventi. Egli ha ripetutamente cambiato versione sulla dinamica della preparazione dell'attentato, a volte affermando addirittura di aver avuto aiuti per compiere l'assassinio del Papa dall'interno del Vaticano.